onsdag, marts 29, 2006

Finpudsning af Bayes hjemmesider

Så blev jeg færdig med finpudsningen af artiklen om de bayesianske net fra Naturens Verden. Det færdige resultat kan ses her.

Jeg brugte mit nye css-design til hjemmesiden. Designet bygger på dette billede fra mølledammen i Bruunshaab.

På min Google hjemmeside har jeg har beskrevet, hvordan jeg lavede designet. Her er lidt flere billeder fra samme aftentur.

Billedet er fotograferet den 10. april 2002. Jeg husker, at jeg kom forholdsvist sent hjem, og der var en helt speciel belysning, så jeg tog kameraet og gik mig en tur ned til mølledammen. Det første billede er taget på træbroen ved det nye overløb, cirka ved 20:30 tiden. Billedet med tre ænder bruger jeg som baggrund for "skrivebordet" på min bærbare.

De, der kender turen, kan se, at jeg på det følgende billede er nået til overløbet, betonkonstruktionen i forgrunden med en trælem. Det var her man kunne se springende fisk om foråret, inden entrepenørarbejdet med nedlæggelse af den ene gren af åen. Det sidste billede er taget i modsat retning, mod øst, i retning af papirfabrikken/møllen. Selv om billedet er taget efter de andre, har man slet ikke indtryk af den fantastiske solnedgang. Men som det ses var der ikke en vind, der rørte sig, søen er blikstille.

søndag, marts 26, 2006

V.J. Brøndegaard

I forbindelse med at blogge om lokale fuglearter henviser jeg tit til værket Folk og Fauna af etnobiologen Vagn J. Brøndegaard. Derfor har jeg valgt at samle lidt om bøgerne og Brøndegaard på denne side. Jeg har både Folk og Fauna og Folk og Flora og synes det er utroligt spændende at læse om hvordan dyr og planter har påvirket menneskers dagligdag før i tiden. Dér har jeg læst guldkorn som historien om Thorvaldsens statuer indpakket i frø fra Bjørnekloen, eller hvordan skovsnegle tidligere blev brugt til at smøre vognaksler.

Vagn J. Brøndegaard blev født 1919 på Møn og studerede plante- og dyrefolklore fra sin tidligste ungdom. Selv skriver han i forordet til Folk og Fauna at han siden 1936 (det vil sige fra han var 17 år) lejlighedsvis gjorde optegnelser om etnozoologi. Siden 1960'erne har han for alvor samlet bøger, tidsskrifter og artikler om europæisk og nordamerikansk etnobotanik. Hans mest kendte bøger er Folk og flora: dansk etnobotanik i 4 bind udgivet 1978-1980, ny udgave 1987, Folk og fauna: dansk etnozoologi i 3 bind udgivet 1985-86 og Folk og fæ: dansk husdyr etnologi i 2 bind udgivet 1992. Forud for disse omfattende projekter foretag han et omfattende kildestudium i de danske arkiver. Tillige, var han én af forfatterne bag en planlagt serie Beiträge zur Ethnomedizin som dog blev opgivet efter publicering af de to første dele. Desuden har han skrevet mange artikler om en række forskellige emner.

Brøndegaard forsøgte gennem flere år at sælge sin omfattende samling af bøger og udklip, men krævede at samlingen skulle bevares som en enhed, hvilket ikke kunne accepteres af de biblioteker der ellers var interesseret i samlingen.

Det svenske Kungliga Skogs- och Lantbruksakademis bibliotek godtog imidlertid kravet og købte den omfattende samling i 2003. Siden da er der arbejdet med at systematisere og supplere samlingen. Man har nu begyndt flere publiceringsaktiviteter, blandt andet er en del af samlingen nu tilgængelig via intenettet som Brøndegaardssamlingen

vagn.jpg

V.J. Brøndegaards blev i 2005 udnævnt som æresdoktor ved Sveriges Landbrugsuniversitet som anerkendelse for hans pionerindsats indenfor etnobiologi. Hans tiltrædelsesforelæsning kan downloades i pdf-format

Jeg har ikke kunnet finde informationer om Brøndegaards tilknytning til det Danske universitetssystem, bortset fra de personer han anerkender i sine forord. Givetvis har han interesseområde til fælles med mange forskere på både Landbohøjskolen og Danmarks Jordbrugsforskning, så jeg vil grave lidt i det.


Udover de nævnte links har Maria Flincks notits Berömd etnobotanisk boksamling (dec 2004) i Forum för trädgårdshistorisk forsknings bulletin 18 2005 været en værdifuld kilde.

Thomas Bayes og hans formel

Sammen med Steffen L. Lauritzen skrev jeg i sin tid en artikel i Naturens Verden om anvendelse af bayesianske net. En version blev lagt på nettet, men på grund af skiftende web-adresser, har den ikke været til at finde. Jeg er nu ved at rette den til og denne bekrivelse om Thomas Bayes er en af faktaboksene i artiklen.

Thomas Bayes (1702-1761) var engelsk teolog og matematiker. Han var den første som anvendte sandsynlighedsregning til at drage slutninger om fremtidige begivenheder på basis af erfaringer. I den forbindelse anvendte han blandt andet en formel, der nu er kendt som Bayes formel. I moderne udgave ser den således ud:

$ P(D|R) =\frac{P(R|D)P(D)}{P(R | D)P(D)+P(R|\bar D)(1-P(D))}.$

I eksemplet med drægtighedsprøven angiver $P(R |D)$ og $P(R |\bar D)$ sandsynligheden for prøvens resultat, $R$, i de tilfælde, hvor soen er hv. drægtig eller ikke, og $P(D)$ angiver sandsynligheden for at soen er drægtig før prøveresultatet er kendt. På venstre side af lighedstegnet angiver $P(D | R)$ den ønskede sandsynlighed for at soen er drægtig efter at prøvens resultat er kendt.

Et bayesiansk net udnytter en version af formlen til at beregne tilsvarende sandsynligheder i mere indviklede situationer.

Thomas Bayes udgav aldrig selv sin afhandling Essay Towards Solving a Problem in the Doctrine of Chances. Den blev først udgivet i 1763 efter hans død.

Thomas Bayes - Wikipedia, the free encyclopedia

tirsdag, marts 21, 2006

Solsort



Originally uploaded by Erik.

Solsorten er endeligt begyndt at synge, frostgraderne har ellers holdt den tilbage. Solsorten er selvfølgelig een af favoritfuglene. I det tidlige forår er det gerne den (eller gærdesmutten), der vækker mig med dens sang. Tit insisterer den på at bygge rede de mest uhensigtsmæssige steder. I de sene aftener i juni måned yder jeg den, når den sidder i toppen af lærketræet og underholder med sin sang. Når det bliver rigtigt varmt finder man den liggende halvbedøvet med udbredte fjer i solskinnet. Det meste af året fortæller den med sin skræppen, at der er kat i nærheden, eller også indgår den i koret sammen med skovskaden og diverse småfugle, når der er en ugle, der forsøger at få sig en lur. Og endelig i det sene efterår finder man dem flokkevis under æbletræerne for at smæske sig i nedfaldsæblerne. Når så Blackbird er en af yndlingssangene, er det vel ikke underligt, at solsorten har en speciel plads.


Blackbird sunbathing
Originally uploaded by Isfugl.

For at få flere billeder af solsorten besluttede jeg mig for at for at illustrere, hvordan man kunne trække billeder ud fra Flickr. Ved at vælge de billeder som er mærket (tag'ed) med solsort kan man danne en billedeserie. Selvfølgelig skal man vælge enten det engelske navn Blackbird eller endnu bedre det latinske Turdus merula som iføle skik og brug på Flickr bliver til turdusmerula . Desværre var det ikke så let som jeg troede. Flickr har nogle muligheder for let at lave badges via javascript. Jeg har een af dem i den højre margen. Men desværre: Googles Blogger tillader ikke javascript i selve bloggen, kun i forbindelse med template. Ved at ignorere en fejlmeddelse lykkedes det mig med een tilgangsvinkel, mens de øvrige ikke var successfulde. Det, der virkede var EZFlickr. Jeg har lavet en separat eksempelside med beskrivelse af de øvrige muligheder for solsort, så begge tilgangsvinkler kan ses.

Update 21/2/2008:Jeg har fjernet script-linket til EZFLickr. Det var holdt op med at virke. Det er jo ulempen ved at referere på kryds og tværs på nettet. I stedet har jeg nu oprettet en anden blog, hvor hver side viser en serie af mine flickr billeder relateret til een af siderne i denne bruunshaab-blog. Så solsort-billederne kan nu ses ved at klikke her.

søndag, marts 19, 2006

Bogfinke

Idag er bogfinken endeligt begyndt at synge for alvor. At tænke sig en nat næsten næsten uden frost og en dag med skyfri himmel. Jeg kan høre på fuglene at de har savnet det lige så meget som jeg. Bogfinken er jo en af de mest almindelige danske fugle. Det må en af de mest flittige til at synge helt fra det tidlige forår. Som det ses af billedet er hannen i den fineste farvepragt i øjeblikket. Jeg sidder på terrassen i øjeblikket og kan høre dens sang, iblandet kurren fra en due, gråspurvens chirpen, og gulspurvens sang (blandt andet).

Bogfinke Originally uploaded by Erik.

Bogfinken er iøvrigt Fringilla coelebs på latin og chaffinch på engelsk. Bogfinken er en af de fugle, der synger med dialekt. Da jeg flyttede her til det midtjydske, var det hele tiden som om der manglede noget i dens sang. På Sjælland fulgte sangen helt klart rytmen fra "Det kan jeg sige lige så tit, det skal være". Men herovre kløjs den i det sidste af sangen. Jeg har lige checket V.J. Brøndegårds Folk og Fauna. Han har et helt afsnit med stemmetydninger af bogfinkens sang. Så jeg kan se, at "det, det, det, det ka' jeg si' li' så tit det skal vær'!", er det jeg prøvede at fange. "Ri-ri-ri-risengebirge!" kender jeg også, men her på Viborg egnen er det åbenbart "A vil da dirre bare, a vil da dirre barre!'. Det er ikke noget under at jeg blev forvirret da jeg flyttede. Da var da godt jeg ikke flyttede til Sønderjylland: "stek en, stekk en, stekk en ski'". Noget af forårsromantikken må gå fløjten, når fuglene har den slags sprogbrug.

Apropos forårsfornemmelser. Jeg checkede lige billedarkivet og sammenlignede dagens tilstand med andre års. De to af billederne er fra 16. marts 2002, det sidste er fra idag, 19. marts 2006
P3040036c Originally uploaded by Isfugl.
Påskeliljer, 16. marts 2002 Originally uploaded by Erik.
Påskeliljer, 16. marts 2002 Originally uploaded by Erik.
Påskeliljer, 19. marts 2006 Originally uploaded by Erik.

lørdag, marts 18, 2006

Troldand

Troldanden står for tur, nu jeg nu har fat i ofre for fugleinfluenzaen.

Tufted duck Originally uploaded by Isfugl.

Det blev troldænderne ved Ærø, som fulgte efter musvågen ved Svinø. men der kommer jo uden tvivl flere tilfælde.

Troldanden er fast vintergæst i mølledammen, men jeg mener ikke den yngler her, uden jeg dog er 100 % sikker. Selv om troldanden ser finurlig ud, synes jeg den virker ret anonym. De fleste fugle har et eller andet karakteristisk som man husker, sangstemme, temperament, vævre bevægelser. Men troldanden ser ud til bare at ligge på søoverfladen. Jeg ved godt den dykker efter muslinger og andet mundgodt på bunden as søen, og jeg har set dem forsvinde under overfladen næsten uden krusninger.

Female tufted ducks

Originally uploaded by Erik.

For god ordens skyld, på latin hedder dem Aythya fuligula, på engelsk Tufted Duck. Den er åbenbart tæt beslægtet med taffelanden Aythya ferina, (pochard på engelsk), og Bjergand, Aythya marila, (greater Scaub). Så tæt beslægtet at der af og til observeres hybrider mellem de arter. Når man søger på Bruunshaab og troldand er en de første hits Netfugl.dk med den malende beskrivelse: Bruunshaab-anden var en "stinker". Det er selvfølgeligt ikke nok at kalde den en and. Interessant noker troldanden ret ny som ynglende i Danmark, måsker hænger den øgede ubredelse sammen med indvaringen af vandremuslingen fra Sydøsteuropa, se Dansk Ornitologisk Forenings hjemmeside for yderligere information.

Billederne er fra Mølledammen for godt en uge siden.

Musvåge

Musvågen nåede herostratisk berømmelse i ugens løb, som den første fugl i Danmark med diagnosen: fugleinfluenza type H5N1. Musvågen er ikke nogen hyppig gæst i haven. Men som biilledet viser har jeg fundet en død musvåge i haven i april 2004, så det er ikke Svinøfuglen. Musvågens latinske navn er Buteo Buteo og på engelsk hedder den common buzzard.

Musvaage

Originally uploaded by Erik.

Musvaage

Originally uploaded by Erik.

Når jeg kører på arbejde om vinteren er der næsten altid musvåger. Specielt mellem Tapdrup og Thisted mejeri. Der er en mark, hvor der tit sidder 6-7 musvåger. Ofte på muldvarpeskud. Af og til løber de hen over marken på jagt efter et eller andet. Mus ? regnorme ? det er svært at vide. Een af dem er næsten helt hvid, og ser ud til at være fast vintergæst. Måske et det en fjeldvåge, der er jeg ikke ekspert.

Om sommeren bliver man helt svimmel af at se op i himmelen efter musvågerne. Næsten hver eneste sommerdag hænger der 1-5 musvåger og cirkler oppe over haven. Deres miavende stemme kan høres; men ellers glider de lydløst rundt. Iøvrigt har jeg også hørt den i dag, så det er ikke kun på sommerdage. Forholdsvis tit bliver de angrebet af krager og småfugle, hvilket også tit ses for de andre rovfugle. Ofte ser  man kun rovfuglen fordi man hører småfuglene der jager dem.

Billederne af den døde musvåge er lidt triste, derfor har jeg været på Flickr og fundet dette pragteksemplar med en nyligt nedlagt kanin. Fotografen er hollænder


That's nature.....
Originally uploaded by buikschuivers.

fredag, marts 17, 2006

Vandstær

Den her er en af de berømte vintergæster hernede. Der arrangeres ekskursioner, hvor folk stiller sig med kikkerten og ihhh og ohhh: Vandstæren, Cinclus cinclus, på engelsk white-throated dipper, og minsandten, Fossekall på norsk.

Billede af vandstær ved Vibækvej Originally uploaded by Erik <\span>
Vandstæren er Norges national fugl og jeg kan ikke dy mig for at citere fra denne norske hjemmeside
Tildels næringsrike elver og stryk med steiner som stikker opp, er fine fossekallhabitat. Vanninsekter som vårfluelarver, små krepsdyr og rumpetroll er god mat.
Hvis der er enkelte prosaiske danskere, der ikke ved, hvad en rumpetroll er, kan jeg oplyse, at det er en haletudse. (Norsk har et eller andet som dansk ikke kan leve op til).

Da jeg flyttede herned, var der hver vinter en 4-5 vandstære, så man var næsten hundrede procent sikker på at se mindst een, når man gik sig en tur. Desværre ser det ud til, at bestanden er dalende - efter min opfattelse, fordi man har omlagt åsystemet hernede. Før skabte vandmøllen to næsten lige store grene af åen, dels via passsagen gennem møllen, og dels via et overløb med et fald på et par meter. Nu er overløbet erstattet af et sindrigt system af snirklede menneskeskabte slyngninger, som behjertede naturfolk tror er bedre for fiskene. Men som sagt tror jeg ikke, det er til fordel for vandstæren. (I parentes bemærket er jeg heller ikke sikker på, at det er til gavn for fiskene - det var fascinerende, førhen at se fiskene springe et par meter i vejret ved overløbet, når de søgte op mod Viborgsøerne om foråret. Det ser man heller ikke mere).

De billeder, jeg viser her, tog jeg for en uge siden, same dag som jeg fik fotograferet hejren. På billedet står den og tager knæbøjninger, inden den kaster sig ud i det kolde vand på jagt efter føde på bunden. I bevægelserne minder den meget om gærdesmutten. Det danske navn er lidt misvisende, der er ikke meget lighed med stæren, hverken i udseende eller adfærd. I øvrigt kaldes den også Water Ouzel på engelsk. Ring Ouzel er en ringdrossel, og den ligner til en vis grad en vandstær.

Vandstærens forekomst i Danmark er beskrevet af Peter Lange. Blandt om ynglende par i Danmark. Det ser ud til at man ved at tilbyde redekasser kan få vandstærene til at blive hele året. Der er også en beskrivelse af redekasserne. Det var da værd at overveje at hænge en sådan redekasse op.

tirsdag, marts 14, 2006

Hejren

Originally uploaded by Erik.
Så er turen kommet til fiskehejren (Ardea cinerea) på engelsk gray heron. Jeg var ude at gå en tur langs med åen forleden dag, da hejren fløj op fra åbredden, for at komme lidt længere væk fra mig. Den landede dog snart igen og virkede ikke så sky so normalt. Det må være det kolde vejr der påvirker den. Jeg ser hejren hele året, så mon ikke det var en standfugl, jeg så igår, selv om www.fugle-net.dk beskriver, at trækfuglene skulle være landet nu. Jeg har dog min tvivl med det kolde vejr vi har nu.

Hejren har altid imponeret mig, dens fingefang virker alt for stort. Det er tit dens hæse skrig, der røber den, når den kommer flyvende. Tit kan jeg hører den tidligt om morgenen når den flyver forbi soveværelsesvinduet ned mod ådalen. Rigtigt imponerende har den virket de gange, hvor jeg har overrasket den i åen nede ved mit drivhus. Så når den først at lette, når jeg er nået frem, så jeg ser den helt tæt på.
Originally uploaded by Erik.


Jeg nåede at fotografere den tre steder på min korte vandring. Dels på isen i kanten af mølledammen, dels på åbredden, og endelig da den lettede og fløj direkte indover mig. I søgeren havde jeg det perfekte billede med den S-formede hals i profil, men ak, intet billede, jeg har stadig ikke lært alle finesserne i kameraet.

Egentlig var jeg gået ud for at se om jeg kunne få et billede af vandstæren, da jeg så hejren. Turen gav også billeder af både gråænder og troldænder. Gråandrikken har imponerende farver pt. Jeg havde opgivet vandstæren, men da jeg nåede næsten hjem, sad den på en lille sten i åen og lavede knæbøjninger. Mere om den i morgen
Originally uploaded by Erik.